1、 有些代理记账公司没有与委托单位签订正式的委托代理合同，对双方的权利、义务缺少明确的规定，在实际工作中遇到异议时，往往无法分清责任。因此在选择代账公司的时候，企业就要更加谨慎。
2、个别 “代理记账公司”没有代理记账资质（市财政局批准的代理记账许可证、会计上岗证等），发生问题可以回避责任，损害委托单位的利益。这也是小企业在选择代账服务公司时必须要注意的事项。
3、 财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。
4、 会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。
5、代理记账单位通常是定期或定时上门服务，日常业务可通过电话沟通，会计不是随时在单位办理和咨询业务
采取针对性措施，积极推动代理记账的实施。关于代理记账的推动及实施，我们认为除了有关部门单位大力宣传以外，应当由税务部门牵头推动其实施。一是税务部门同规模较小的单位组织，特别是一些规模较小的经营组织和个体工商户联系紧密，推广工作力度大；二是税务部门本身有这方面的经验，一方面，税务部门在建制建账上有着丰富的经验，另一方面，前几年税务部门曾进行过组织、督促小型经济组织及个体工商户建制建账工作，只是由于种种原因没有坚持下来；再有就是现有的税务师事务所可以马上开展这项业务。当然，代理记账仅仅靠税务部门一家是不够的，其他符合法律要求的中介组织和机构，也应当积极开展这方面的业务，为代理记账创造必要的条件。
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做好费用计提及摊销做好每月固定发生的计提业务，如固定资产计提折旧、无形资产摊销、水电费计提、工资计提以及以工资为基数计提的福利费、教育经费、工会经费等，做到不漏提也不多提；对存在需要摊销的费用如开办费、材料成本差异等每月摊销的费用，及时做好摊销分配凭证。