医院设有冠心病中心、心律失常中心、急重症中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血压中心、临床药理中心、血脂异常与心血管病诊治中心、内分泌与心血管病诊治中心、血栓性疾病诊治中心、特需医疗中心、成人外科中心、血管外科中心、小儿外科中心、术后恢复中心、麻醉中心、体外循环中心、放射影像中心、超声影像中心、核医学影像中心、功能检测中心、临床检验中心等临床和医技科室。
阜外医院始建于1956年，2009年中央编办批复成立国家心血管病中心，正式形成“中心—医院”一体化格局。本部阜成门院区总用地规模5.53万平方米，总建筑面积15.7万平方米；门头沟西山院区总用地规模7.33万平方米，其中西山一期建筑面积3.7万平方米；西山二期项目建设正在加速推进，建筑面积5.62万平方米。
阜外医院现有在职员工3833人，截至目前累计培养了院士6人，、省部级有突出贡献专家28人，享受政府津贴83人，中高级职称专业技术人员1709人。同时，阜外医院配备有血管造影机、双源CT、核磁共振、PET-CT、回旋加速器、心血管多模态数字化手术室等与世界接轨的医疗科研设备。
全国基层高血压防治管理项目作为国家基本公共卫生服务重点项目之一，自2017年在中心成立项目办公室以来，先后发布《国家基层高血压防治管理指南》（2017版、2020版）和《国家基层高血压防治管理手册》，培训超过235万名医务人员（其中基层医务人员占80%）。通过新媒体传播途径向公众传播健康生活方式医学理念和方法，覆盖民众2500余万人。建立了一套相对完善的高血压评价体系，以统一的七级管理数据分析质控平台，推动基层管理质量“持续改善”。该平台已管理重点联系点地区的1.8万个基层医疗卫生机构的438万高血压患者。开发适合基层的高血压管理辅助诊疗工具（1.0版、2.0版），并通过持续开展降压效果调研评价工作，探索防控新模式。