长期从事风湿临床免疫基础和临床研究。首次发现：新生抗原介导了强直性脊柱炎发病，是该领域里程碑式重大发现（Science，2023）；类风湿关节炎滑膜中铁死亡机制；CD147是病毒和疟原虫入侵人体新受体。研发成功抗恶性疟疾和重症新冠病毒感染特异创新；建立了炎性关节炎内外科综合诊疗关键技术体系，首先提出“AS合并髋关节炎MRI评估标准”，主持建立《ANCA检测技术》和《中轴型脊柱关节炎综合评估》中国专家共识。
1993年12月，时任传染科副主任医师、副教授的朱平已在传染病领域积累了丰富的临床经验，关于流行性出血热发病机制的研究项目获得军队科技进步二等奖，但她毅然服从医院发展需要的安排，调任至彼时“一穷二白”的免疫科，从头做起。
朱平瞄准世界医学前沿，对接当时国际科研发展和疑难危重病诊治需求，将研究重点锁定在了刚刚兴起的风湿免疫专业，及时引进医院台代表当时国际水平的流式细胞仪，在临床研究中开展免疫活性细胞定量和功能分析技术，为患者诊断、、预后评估、不良反应监测等提供重要帮助。
在教学中，她毫无保留地将自己所学传授给学生。临床工作中，她经常提醒学生“进行诊断前，一定要多看资料和病案、多看片子、多观察病人，真正做到心中有数”。如今，她的学生大部分已步入学科带头人的行列，很多学生在风湿免疫学科研和医疗领域取得了突出成绩。