王永钧长期从事肾脏病临床及研究，对中医经典和历代名家学术思想颇有研究。
王永钧带领肾内科团队，创建了IgA肾病从虚、瘀、风湿辨治体系，提出IgA肾病五型辨证新方案 。王永钧将中西医融会贯通，总结出了慢性肾病临床演变规律，发展了肾脏病中医辩证理论，提出“风湿致肾病”学说和“肾脏微症积”的肾微观辩证法，完善肾脏病中医微观辨证体系，应用源自中华文化的“象思维”，结合“审病—辨证—治病/证”的临床思维方法，拓展了“四诊”视野 ，在此指导下形成了一套分阶段辩证的方案和系列组方，并在临床、科研与实践中得以运用。
28岁女患者林某，4个月前受凉后出现咽痛，后小便呈浓茶样，伴腰酸乏力，查尿蛋白+，两周前咽痛明显，曾予抗感染。4天前发热后再次出现茶色尿，医院检查病理提示IgA肾病，西药，尿色转清，但仍咽痛明显，遂求助于王永钧。王永钧给出中医治法养阴，清咽。开方14剂，加之西药同前，患者服用后咽痛如灼明显好转，继续服用中药14剂，加西药同前，患者未再有咽痛不适，加减方后调理一个月，复查尿蛋白-。
中医看病就是望闻问切，四诊合参，而西医看病之前，就会依靠先进的仪器和工具检查疾病。传统中医肾病，主要是依靠中医“肉眼”去识别病症，所以王永钧和同事们经过大胆尝试，用一些先进的仪器，比如是免疫荧光、电子显微镜、光学显微镜等，来观察肾脏组织的病理变化。通过这些仪器的观察，能直接为肾脏的一些病症提供比较直观的数据。
在1986年的时候，王永钧被调到了杭州市中医院上班，在这里他创建了中医肾病专科门诊。王永钧带领着自己的团队，开创了国内中医院多项，比如说个建立肾病实验研究室，个使用肾穿刺活检技术，个开展系统的肾病透析疗法等等。