王永钧长期从事肾脏病临床及研究，对中医经典和历代名家学术思想颇有研究。
王永钧带领肾内科团队，创建了IgA肾病从虚、瘀、风湿辨治体系，提出IgA肾病五型辨证新方案 。王永钧将中西医融会贯通，总结出了慢性肾病临床演变规律，发展了肾脏病中医辩证理论，提出“风湿致肾病”学说和“肾脏微症积”的肾微观辩证法，完善肾脏病中医微观辨证体系，应用源自中华文化的“象思维”，结合“审病—辨证—治病/证”的临床思维方法，拓展了“四诊”视野 ，在此指导下形成了一套分阶段辩证的方案和系列组方，并在临床、科研与实践中得以运用。
人才培养
学科建设
王永钧创建了浙江省个肾脏病内科，该科现已发展为浙江省医学重点学科（肾脏专业）、国家中医药管理局重点专科。
指导学生
截至2022年7月，王永钧已指导培养出数十位肾病学科的领军人物，包括5位肾病专/学科带头人，4位国家名老中医专家学术指导老师，5位浙江省名中医，12位杭州市名中医。王永钧曾任浙江中医药大学硕士和博士生导师，已指导培养博士8名、硕士21名，培养继承人6名，他们中多人分别获得中国中西医结合特殊贡献奖，中国中西医结合青年贡献奖，全国百名杰出中医等。
“王永钧治学严谨，医德高尚，学验俱丰。”
“在王永钧身上，不仅可以看到一个‘老中医’孜孜不倦、治病救人的一生，更可以看到源远流长的中医文化，和其背后承载着的精神。这种精神不断推动着中国中医药事业的高质量发展，为建设健康中国、实现中华民族伟大复兴贡献力量。”
“王永钧厚德尚学，法古融今，医术精湛。”
很多人都不知道就这样一位名满中医界的“国医大师”，却是“半路出家”。那么，为什么他会选择做一个医生呢？每个医生都有自己的原因，但是王永钧之所以选择当一名医生，还源自于自己得了一场大病？
王永钧18岁的时候，得了肾病综合征，到处求医看诊，治了三年多，到过多家医院，很多医生都是束手无策。后来机缘巧合之下，经民间一位中医用，王永钧竟然奇迹般痊愈了。