北京301医院医院设置165个临床、医技科室，233个护理单元，拥有8个国家重点学科、1个国家重点实验室、20个省部级及全军重点实验室、33个全军医学专科中心和研究所，形成了以综合诊疗为特色的13项专业优势。同时是全军重症监护示范基地和中华护理学会的培训基地。设有国际医学中心和健康医学中心，提供高端预防保健服务。医院年门急诊量490余万人，收容19.8万人，手术近9万例。
北京301医院拥有5位中国工程院院士，1百多名技术三级以上专家，1千多名高职专业技术人员。医院先后获得省部级以上科技成果奖励1300余项，其中，国家科技进步一等奖7项，二等奖20项，国家发明奖2项，军队科技进步一等奖21项。
北京301医院是全军重症监护示范基地和中华护理学会的培训基地。每年招收市级以上医疗机构进修医师1200余名，接收军队、地方医学院校实习生200余名。军队生源基本涵盖了军队各兵种及武警系统130家医院，以及各系统门诊部、卫生队、疗养院等。地方生生源主要来自全国21个省、4个直辖市、5个自治区1500家三级以上医院和医学院，约占全国三级医院的65.2%。
令狐恩强指出，近几年，随着消化内镜技术的快速发展，我国已从微创外科到超级微创外科的过渡。现在广义上的微创手术指的是微小创口的外科手术。然而微创发展到今天，它的概念已经改变：相对于开腹、开胸而言，微创是用腹腔镜、胸腔镜等内镜对患者病变部位进行切除，但是其切除的范围仍然很大。然而随着消化内镜技术的发展，我们现在强调：在保留组织解剖结构完整和保证器官功能的基础和前提下，可能性地切除病变部位，从而达到患者的目的。这我们称之为“超级微创”，这也是未来医学的发展趋势。