北京空 军总医院主要承担空 军飞行人员航空病、常见病诊疗防治研究及医学鉴定任务；承担预备航天员的体检选拔任务；承担空 军部队及联勤部队官兵的健康保障和疾病救治；还面向人民群众提供优质医疗服务。已发展成为一所集医疗、教学、科研和预防保健为一体的大型现代化综合性三级甲等医院。
北京空 军总医院学科设置齐全，拥有50多个临床、医技科室，拥有皮肤科、中西医结合正骨科、中医科3个国家中医药管理局重点学科和专科、专病中心，1个全军皮肤病研究所，8个全军医学专科、专病中心，1个国家临床试验机构及全军临床药理基地，设有飞行学员医学选拔中心及一批特色学科。
北京空 军总医院积极追踪医学前沿，开展了肝、肾移植，胰肾联合移植，眼角膜移植等多器官移植应用研究；半相合骨髓移植、干细胞移植临床研究；三维适形定向放射治 疗肿瘤应用研究；纤维内窥镜技术应用研究；各种激光治 疗技术应用研究；飞行员飞行心理指导干预；以及腹腔镜、关节镜等各类介入微创技术等。
北京空 军总医院皮肤科组建于1980年，于2013年扩建为皮肤病医院。现为国家中医药管理局中西医结合皮肤病重点学科、全军皮肤病研究所、国家卫生部药品临床研究基地、国家FDA行政许可检验机构、首都皮肤科疑难病诊疗中心、中国医师协会激光美容培训基地、北京市皮肤科医师培训基地、全军皮肤病专业委员会和全军中医药学会皮肤病专业委员会主任委员单位。