医院拥有教育部儿科学国家重点学科和教学团队，是首都医科大学儿科医学院和儿科学系所在地，现有教授、副教授84人，博、硕士研究生导师64人，承担着博士、硕士研究生、七年制儿科专业、护理大中专及继续医学教育等多层次教学任务，并设有博士后流动站，每年为社会输送大量儿科人才。
北京儿童医院坚持公益，始终“关注儿童、关注健康”，成立“扶助贫困儿童就医健康基金会”，组织职工为贫困患儿捐款;组织医疗骨干参加援疆援藏计划、“人才京郊行”、大型义诊活动，为偏远地区和基层单位的儿童送医、送药、送健康;开展免费救治西藏先心病患儿活动;举办血友病、糖尿病、白血病儿童夏令营，让患儿感受到社会的关爱。
尿道下裂是小儿泌尿生殖系统常见的畸形之一，占北京儿童医院泌尿外科病房收治病人数量的1/3～1/2，每年住院手术1000人次以上，还不包括几位知名专家外出会诊手术的例数。北京儿童医院泌尿外科团队经过近50年、几代人努力，在尿道下裂上积累了丰富经验，在国内水平。是国内收治病人数量多的科室，尤其重度尿道下裂病例占很大比例。
当爸爸妈妈们发现孩子阴囊，并且触摸睾丸有疼痛时，千万要当心了，有可能是附睾睾丸炎症或者睾丸扭转，而这两种情况都是必须要及时的，即使是疫情期间，也应该做好防护后立即医院急诊就诊，并且在去往医院的路上，暂时不要给孩子进食进水，为可能需要进行的急诊手术做好准备。此外，如果未进行手术的隐睾患儿，发生了腹股沟区(大腿根部内侧)的疼痛，也应及时急诊就诊哦。