通常情况下工业洁净厂房的平面布局、管线布置、功能分区、室内装修等均会在土建工程完成之后进行二次设计。但由于防爆区对承重结构和泄压设施的特殊要求（防爆墙、防爆区结构类型、防爆区与非防爆区的联通、防爆区泄压面方向及面积等），这部分内容应在初次设计时就应当考虑在内，这主要是出于以下几个方面考虑。
后，值得注意的是在现有规范中虽然要求有爆炸危险的设备宜避开厂房的梁、柱等主要承重部件布置，但由于设备尺寸、厂房面积、空调系统负载压力等多方面因素影响。在实际工程操作中实施难度较大，可在初次设计时适当提高防爆区主要承重结构的防爆性能。
在确定面积时还有一点值得注意的是，防爆区与非防爆区的区别之一就是不需要设置回风设备及管道，仅需设置排风、排烟、除尘与送风设备及管道，且防爆区排风管道不与其他区域排风管道相连，防爆区需单独设置防爆型排风风机箱。
由于洁净厂房生产环境的特殊性，通常状况下防爆区与非防爆区在连通时，无法使用在外墙上开门，利用走廊或阳台联系两个区域的方式。这时门斗作为规范强制要求，连接防爆区与非防爆区，在设置时注意门斗的两个门应当错开设置。