生物医药企业在产业化落地和GMP实施过程中，也面临着很多现实的问题，生物医药厂房布局设计、生物与无菌污染风险控制、HVAC系统洁净要求与生物、生物活性废弃物处理……
主工艺流的分区也要考虑生产计划安排的要求，有的车间是单线生产，但有的车间是多产品共线的，企业不望一个生物反应器长期生产不饱和，需要尽可能多的去生产，或者在产品的新增过程中扩大批量，但不想扩大反应器，而是增加一个相同体积的反应器，这样的扩大批量比较容易实现扩大，风险较小。如果是多品种共线还要考虑是两品种交叉生产还是阶段性生产，基于这样的考虑对于防止交叉污染的措施就要考虑的充分一些。
③新风量
洁净室(区)内新风量数值取下列风量中的值：
a.单向流洁净室总送风量的2%～4%；紊流洁净室(区)总送风量的10%～30%；
b.补偿室内排风和保持室内正压值所需的新鲜空气量；
c.保证室内每人每小时的新鲜空气量不小于40立方米。
物料净化方面依据以下原则：
1、医药洁净室的原辅料、包装材料和其他物品出入口,设置物料净化用室和设施。
并在岀入口设置供物料、物品用的室和设施。
2、物料清洁室或室与医药洁净室之间设置气锁或传递柜，气锁的静态净化级别与其相邻高级别医药洁净室一致。
3、传递柜密闭良好,易于清洁。两边的传递门设有防止同时被开启的措施，传送至无菌生产洁净室的传递柜设有相应的净化设施。
4、医药洁净室产生的废弃物设有传出通道，易产生污染的废弃物设置单独的出口，具有活性或毒性的生物废弃物灭活后传出。