目前我国商业保理通常有两种运行模式， 一种是由卖方发起的保理，其目的是对资金来源加以掌控。而这种保理模式控制流程与银行保理一定相似性，尽管保理商会对卖方信息进行核定，但却不能充分确保每个买方均有支付意愿及能力，据此，为消除个别买方存在的不确定性，保理商就必须从其他买方回款中来确保账款自偿性，以平衡或抵消个别买方的损失。 第二种模式则是由买方发起的保理，这种保理模式在银行十分常见，很多银行称之为“反向保理”，这种模式比较容易控制银行款的风险，不仅满足了中小企业短期资金的需求，增强了中小企业的生产稳定性和品质保证，而且有利于整个供应链的持续运作和价格竞争力。
为改善存在的诸多问题，为规范中小企业经营，商业保理公司注册应采取一些必要措施保护资产， 应激励商业保理公司为中小企业融资，中小企业自己也要通过与商业保理公司合作，规范经营，只有通过不断的创新和改进，企业才能顺应社会潮流发展，解决内部因素与外部因素产生的诸多问题，才能实现各方面利益的 大化。
商业保理业务的基础是企业的履约能力，考核企业的履约能力的基础又是建立在企业之间真实交易的基础之上。所以，商业保理业务是目前推动商业领域信用体系建设的途径。发达的社会主义市场经济就是信用经济。我国正处在经济转型期，国内商业领域信用体系建设势在必行，作为该体系建设的有力方式之一，社会需求决定商业保理应当尽快在我国推行。明确的社会价值，准确的社会定位将是商业保理行业发展的前提条件之一。
保理公司的监管方面，内资保理公司由工商管理局直接核发执照。外资保理公司由商委部门先进行前置审批（外商投资备案）、再由工商部门审批营业执照。内外资保理公司虽然经营范围的表述不尽相同，但其实际经营项目是一致的。